邱義仁下台，留下的還有一堆疑團，尤其他跟黃志芳的關係陷入緊張，問他會不會覺得黃志芳在自保？邱義仁只淡淡地說，自保也是人之常情；他說黃志芳大概認為，他沒有認真幫忙找出金紀玖，才對他存疑；不過今天邱義仁已經收起「下意識」神秘微笑，沒再穿上一貫的招牌三宅一生服裝，反倒在最後一天，穿上印有行政院的夾克。
沒再下意識「習慣性」微笑，請辭後，邱義仁最後一次坐在行政院記者室，淡淡談到為什麼黃志芳，後來對他好像不太相信。記者：「你們有爭執？」前行政院副院長邱義仁：「身兼國安會長，似乎有很多國安資源可以運用，可以幫忙他協尋，但是一段時間之後還是沒有結果，黃部長可能有一點點感到不滿意的就是說，怎麼找了老半天都沒找著，是不是我沒有很認真的去找。」
不避談黃志芳早就對他有所存疑，只是外交部長最近常無奈感慨「一切都是長官指示」，這是在自保嗎？邱義仁：「自保，我覺得是人之常情，我覺得這沒有甚麼好指責的。」
邱黃層層糾葛，終究在政黨輪替前13天請辭下台；邱義仁有問必答，更罕見地是，沒再穿上最愛的三宅一生，悄悄換上了「幾乎沒穿過的」行政院夾克。邱義仁：「我自己都毀了，本來想穿襯衫就下來，但有點涼。」
第二次穿上行政院專屬夾克，卻也是最後一次，邱義仁臉上帶著感慨歉意，習慣性牽動嘴角，卻已經不敢再笑了。
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