國軍在總統大選期間的角色令人相當關注，有立委就問到國軍會不會在322選後當天效忠新選出的總統？國防部長蔡明憲卻說，選舉順利完成一定會效忠，不必多此一舉，而立委有疑問的，還有行政院副院長邱義仁準備領軍選舉緊急應變小組，邱義仁有沒有指揮國軍的權利？國防部表示，除非發佈緊急命令，否則邱義仁是無權指揮國軍。
都還沒投票，立委就已關心到322當天，國軍如何新元首效忠。國民黨立委帥化民：「不管對馬英九或是謝長廷，在這個人心浮盪不安的時候，你這種宣示是有必要的。」
國防部長蔡明憲：「如果很順利(選舉)，一切都很順利，今天為什麼我們國防部，有必要多此一舉呢？」
部長不明白宣示，讓立委很火大，更讓立委質疑的，還有行政院在大選期間，要由行政院副院長邱義仁督軍緊急應變小組，那麼國防部會不會聽令邱義仁的指揮？
立委林郁方：「邱義仁先生如果要求國防部，配合緊急應變小組，要你增加部隊的留守人數等等，部長跟總長你們接不接受？」參謀總長霍守業：「緊急狀況發布或者是戒嚴發布，這個時候才可以動用兵力。」
林郁方：「換句話說邱義仁，即使是緊急應變小組負責人，沒有權力指揮國防部對不對？」霍守業：「無權指揮。」
既使國防部強調選舉期間，絕對保持行政中立，但在大選最後階段，國軍的態度和一舉一動還是很令人關注。
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