吳敦義在國民黨內一直被視為孤鳥，擔任秘書長期間，為了提名爭議，也時常被候選人暗批，或明批是放話操作的有心人；吳敦義在今年2月，甚至罕見地在立法院質詢時，公開批評劉兆玄，不應該讓馬總統被逼著上火線，還要他學好台語；最新一期的亞洲週刊，他接受專訪也透露，早在上個月11日，他就向馬總統建議，要即時「用對的人」。
今年2月，身兼國民黨高層跟立委的吳敦義，突然在立院議場，罕見地嚴厲質詢劉兆玄。吳敦義(98.2.27)：「兩院之間還有爭執，這才是總統出來，怎麼會讓總統親臨火線；我建議你學學台語嘛，『好朋友』才給你這個建議。」
沒想到這位「好朋友」，卻在最新一期亞洲週刊的專訪中透露，在上個月11日跟馬總統便當會時，就建議總統要即時用對的人。
吳敦義向來自認有話該說就得說，被視為孤鳥性格，擔任黨秘書長，更是為了選舉提名，不惜當黑臉。台北縣長周錫瑋(98.4.1)：「國民黨裡面只有少數一兩位，那是因為貪心，那是因為太聰明。」吳敦義(98.4.1)：「他不必懷疑有哪位去放他的話。」
吳敦義(98.4.1)：「傅崑萁涉及的不是只有一個案。」國民黨立委傅崑萁：「傅崑萁絕對不能接受。」
甚至2年多前，馬王爭黨魁，吳敦義也義無反顧全力挺馬批王。吳敦義(96.7.3)：「能講說王金平院長是黑金加三級嗎？」
吳敦義對馬總統的用心，讓他跟王金平傳出心結，黨內不少人也被他毫不掩飾的直接，結下樑子；不過，如今吳敦義初登閣揆，黨內一片好評。國民黨立委呂學樟：「是一個幹才，他能從政這麼久，絕對有他的智慧、他的能力。」
民進黨立委邱議瑩：「就是很假、奸詐。」
在野黨立委認為吳敦義是鷹派作風，新會期勢必爭議不斷，孤鳥性格，缺乏人和，但或許推動政務，也將是最沒有包袱。
