台北市政府因為積欠中央超過2百億的健保費，好幾筆台北市的土地遭到查封，問題一拖將近7年，中央為了徹底解決，決定出手，明年度編列24億的預算，要補助台北市還錢；行政院的做法引發綠營抨擊，說馬市長欠錢，竟然是由馬總統編預算解決，不過行政院強調，補助地方政府還錢，是要用制度面來解決問題。
為了健保費，7年前的台北市長馬英九，曾經這樣公開槓衛生署。時任台北市長馬英九（2002.1.11）：「我們不是衝著衛生署或中央健保局，我再強調，不是去製造中央和地方的對抗，我在這裡不是要和誰對抗。」
台北市和中央政府的戰爭，從民進黨執政，延燒到國民黨奪回政權，馬英九也從台北市長變成總統，現在中央政府卻打算編列預算，幫台北市歸還一半的欠款，光是明年就補助至少24億。
國民黨立委李鴻鈞：「你現在又要從中央補助給地方，然後又是百姓買單嘛，是百姓買單，不是馬總統買單。」
民進黨立委高志鵬：「揮霍成性的敗家子，一旦因為繼承祖產，就可以來清償債務，這實在是很不可取的做法。」
台北市欠中央上百億的健保費，打了好久的行政訴訟最後也敗訴，就連台北車站前的土地都遭到法院查封，行政院強調，中央的做法是要解決問題。新聞局長蘇俊賓：「並不是馬市長任期的台北市政府，才有這樣的問題，中央是積極的跟北高兩市，協調一個可以共同解決的方法。」
行政院強調，補助不是只針對台北市，而是各縣市有欠款的，中央希望統一解決，只是健保連年虧損的徵結不解，補助能解決的也只是眼前的問題而已。
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