風災重創南部地區的農業、畜牧業，有2百多萬隻蛋雞與肉雞被淹死，現在包括雞蛋、土雞價格都往上漲，像是市面上土雞飆到一隻300元，漲了將近1倍，蛋價每台斤也漲到31.5元，雞農表示把小雞養大到能生蛋，大約要130天左右，這段期間遇上開學，蛋的需求量大，蛋價恐怕還會再漲，至於全省農損金額將超過123億。
天才剛亮，雞農就忙著推推車撿雞蛋，大小顆還要經過謹慎挑選，因為雞蛋已經出現供不應求狀況，產地價格更從颱風前，每台斤25.5元上漲到31.5元，主要原因是，莫拉克颱風把南部地區，超過230萬隻蛋雞和肉雞被淹死，南部養雞戶全部轉到中部購買。蛋農：「現在要重新飼養的話，等到能下蛋，要等130天的時間。」
也就是說，雞蛋市場未來將有4個多月的空窗期，這段期間不只遇上學生開學，營養午餐的需求，還要供應中秋節糕餅市場，蛋價勢必會再飆高，這期間，搶手的還包括豬肉和土雞。雞農：「颱風前價格20多元(每公斤)，我們養雞戶都處於賠錢狀況，颱風後已經漲到40元。」
土雞價格漲了將近一倍，市場上一隻就要300元，豬肉1公斤也要70、80元，讓很多家庭主婦買不下手，因為根據農委會統計，農作物損失面積7萬多公頃，金額高達40億，豬隻、雞隻死亡數量持續增加，損失飆破14億，至於沿海養殖業更是遭受重創，全台灣農損金額累積122億9千多萬，短時間內要吃到便宜的蔬菜、肉類和海鮮類，恐怕不容易。
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