特偵組偵辦扁案期間消息不斷走漏，檢方查出前國防部副部長柯承亨，任內多次向陳水扁透露檢方調閱的資料和進度，因此改列為洩密案被告，另外特偵組搜索扁家，發現名為「報告總統」的紙條，提及「特偵組行文集保公司，調閱吳淑珍的股票交易明細」，是立委高志鵬要求林德訓透露給陳水扁，但消息來源是誰，高志鵬表示他忘了。
去年9月25日，特偵組二度搜索寶徠花園，意外查到一封「總統親啟」的信件，內容提到特偵組在97年7月2日發文集保公司，要求調查吳淑珍持有的股票交易明細，告知除了兩家股票其他沒有問題。
是誰透露檢方偵辦作為？前總統府前辦公室主任林德訓坦承是他寫的，但內容是立委高志鵬要他轉告陳水扁，但究竟誰是集保中心的深喉嚨，高志鵬以忘記了帶過；但由於他是接受機密者，沒刑責，不列入被告事實上，特偵組是在6月26日發文集保中心，因為公文寄送和程序，直到7月2日陳水扁的暗樁才得知訊息，通報也可能早在回函特偵組之前。
另外，特偵組也在扁家發現特偵組發函國防部公文，要求查閱外交案的資金，雖然傳真日期不完整，但主管簽名層級只到前國防部副部長柯承亨，外加公文上明載機密字樣，柯承亨因此被認為是陳水扁在行政部門的暗樁，檢方簽分偵字案，將他列入洩密案被告偵辦。
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