2012年馬政府時期提出自經區構想，因外界質疑聲浪不斷，無疾而終。韓國瑜當選高雄市長後重新提出，在議會答詢時數度強調是為了發大財，引發爭議；不過，財政部等相關部會，先前即以洗錢、洗產地等疑慮，強烈反對。
自經區是經濟特區概念，南韓也推出仁川自由經濟區，作為拚經濟策略之一，但各國政經環境差異，特區內涵也不同。台灣因國際處境特殊，在對外簽署自由貿易協定受阻困境下，20餘年來推出經濟特區或自經區的聲浪始終不斷，但因政策與執行面可能產生的負面衝擊，始終是發展經濟策略上的爭議話題。
●自經區特別條例為什麼會出現？
自經區的全名是自由經濟示範區(FEPZs－FreeEconomic Pilot Zones)，是前總統馬英九主政時期提出的「黃金十年」政策之一。
根據2012年經建會(國發會前身)公布的資料指出，南韓總貿易額已是將近台灣2倍，且正與其他國家加速簽署自由貿易協定(FTA)，若全數生效，至2025年時，南韓貿易額將會是台灣的3倍，不在區域經貿體系中的台灣，面臨加速被邊緣化危機。
當時的經建會認為，台灣應該仿效南韓推動自由經濟示範區，提出法規鬆綁及改善營運環境的5大推動策略，包含促進人員、商品與資金自由流動；開放市場接軌國際；打造友善租稅環境；提供便捷土地取得；以及建置優質營運環境等。
而自經區的營運模式是以「境內關外」為核心，業者除了可在示範區內建置廠房直接生產外，亦可透過「前店後廠、委外加工」的模式，吸引廠商加入產業鏈，透過免稅優惠強化產品競爭力。
●自經區特別條例 引發兩極論述
自經區特別條例提出後，因牽涉大量現有法規修正，影響產業層面極廣，且涉及對台灣農業、醫療、教育、勞工與土地正義議題的衝擊，時任國發會主委管中閔允諾召開公聽會，針對討論結果進行修正。
不料，2014年5月，立法院聯席會議在混亂中處理自經區特別條例3條條文，引發極大反彈，在在野黨強力杯葛下，最終屆期不續審。
馬政府時代，經建會對外指稱，若自經區順利推動，將可促進民間投資上升，增加GDP並創造就業機會；同時也將創造醫療、農業及金融業等產業加值。透過「前店後廠」委外加工模式，有助引入產業活動，擴大企業營運利基，並帶動區外的產業共同發展。
不過，反對者認為，自經區所開放的各種「特區優惠」，雖對重點產業有所助益，但對區外的產業發展反而形成壓迫，而且政府也未提出相對應的配套措施。
此外，特區內的優惠待遇也將造成自由市場失衡，使得區內產業對區外產業在價格上進行打壓，導致特權經濟。
●韓國瑜重提構想 財政部舉5大不可行
韓國瑜上任高雄市長後，拋出重啟設置自經區構想，國民黨立委曾銘宗、賴士葆、費鴻泰等人也將馬政府時期的自經區特別條例修正，提出「自由經濟特區特別條例草案」2.0版，並要求財政部長蘇建榮針對自經區議題進行專案報告。
蘇建榮從貿易、租稅、海關層面，提出自經區5大「不可行」。首先，自經區將造成區內區外不公平競爭，且全國性課題不宜區域性處理；其次是推動自經區，台灣恐淪為美中貿易戰下陸資洗產地轉運站，即中國製產品為了避開美國祭出的高關稅等限制，利用自經區洗成台灣製。
第三，特區內自由金流配套不足部分，恐產生洗錢疑慮。
第四，特區租稅優惠如認定有害租稅競爭，恐遭國際制裁。
第五，特區業者大增，海關不容易管控貨物流及產地標記。財政部表示，近年國際反避稅浪潮興起，為防止各國企業利用稅制差異進行利潤移轉等租稅規劃，破壞各國稅制公平性和完整性，經濟合作暨發展組織(OECD)2013年發布稅基侵蝕與利潤移轉報告(BEPS)，並於2015年公布15項行動計畫，對相關國家租稅優惠制度進行檢視。
「現在已沒有發展自經區的條件」，財政部官員表示，馬政府首次提出自經區特別條例，當時反避稅尚未成為國際間共識；但隨著BEPS行動方案出爐，各國運用租稅工具的態度也漸趨保守，台灣日前好不容易才從歐盟租稅天堂「灰名單」除名，更需留心各項租稅優惠的制定，應符合國際檢視標準，以免構成有害租稅慣例，遭國際組織列為稅務不合作名單，屆時設置自經區，反成為國家競爭力的絆腳石。
●台灣現有六海一空自由貿易港區
台灣推動自由貿易港區政策，現有六海一空，包括台北港、台中港、安平港、高雄港、基隆港、蘇澳港和桃園航空自由貿易港區，以「境內關外」、「轉口加值」制度發展多元營運模式。
業者由國外進儲零組件、原物料或成品後，在港區內可從事物流配銷、檢測維修、加值服務及國際貿易等多元營運模式，再將零組件、原物料或成品輸往國外；也可經由港區事業委託課稅區、保稅區進行修理、檢測維修、加工後，再運回自由港區內，藉以創造附加價值。
財政部主張自貿港區功能與自由經濟示範區具相似性，屬境內關外經濟特區，實施至今相關法令規範相當完備，目前港區事業家數計有114家，107年貿易值達新台幣7599億元，較106年6928億元增加671億元，成長率9.68%。（中央社）
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