南亞大火雖然滅了，帶給民眾生活的影響卻是持續，嘉義縣市受到污染，下起黑雨，水就跟墨汁一樣，就連民眾的白車也變成黑色，環保局人員上午緊急抽驗，幸好初步判斷黑色雨水目前對人體沒有危害，不過南亞人員到底有沒有第一時間通報消防局，也成了追查重點，消防局說，從頭到尾都沒有接到南亞人員報案，南亞也承認確實有疏失，是不是有延遲撲滅，也將報請檢察官調查。
車窗用手一擦「黑抹抹」，居民說都是南亞大火的黑煙污染的，還有賴以維生的飲用水，黑成這副德行，誰還敢拿來喝？就連前一天下的一場雨，也黑的像墨汁，原來這些住戶都在起火的南亞二廠方圓10公里以內，住戶強烈懷疑，這些雨水變黑，跟大火有關。
事實上，氣象局人員表示，整個濃煙衝上天空，到了大氣層，再加上對流旺盛，才會下黑雨。嘉義氣象站人員：「黑煙衝上去，如果剛好碰到那地方下雨，那是有可能(下黑雨)。」
擔心人民飲用水，遭到黑雨污染，水庫人員特地撈水作檢測，還好水質都合乎標準，至於蒐集來的黑水，環保局測出來PH值正常，再加上大火燒出的黑煙，並沒有含有毒物質，環保局認為這些水應該不至於危害人體。
不過嘉義局部下黑雨，是不是和大火有關，成了後續調查的重點。消防局通報：「球場那邊那個有著火了。」
這是10月4日，8點28分，第一名民眾打到消防隊報案，通報南亞二廠失火了，不過在這8分鐘，廠方沒有報案，打算自行撲救，幾分鐘後，南亞廠向自己廠區的管理處通報失火，意思就是要管理處報案，不過電話還是沒打出去，直到8點41分，就看到消防車抵達，南亞廠從頭到尾都沒有報案。
嘉義消防局長呂青海：「我們只接到2個報案，是不是看到我們車子去了沒報案，這個我們不知道。」
有沒有報案，南亞場副理，第一時間還閃避不答，最後才王文淵現身時，工廠幹部才透露出確實沒報案，是想要試圖自行救援嗎？還是另有隱情，消防局人員說，儘管沒報案沒構成法律問題，不過是不是延遲報案，引發大火延燒16小時，消防局也將請檢方來調查！
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