駐日代表謝長廷爭議不斷，兩國不少重大政策卡關，傳出因此吳釗燮派信任的前台日交流協會秘書長蔡明耀接駐日副代表，貫徹政府意志，但外交部說這個猜測充滿想像力。
政大國關中心研究員蔡增家：「謝長廷的輩分跟其他人其實不太一樣，他是民進黨的四大老，除非他自己要走所以蔡英文，根本不敢把他給換掉，用大老用輩分大的來去擔任大使，他所嘗到的一個苦果。」
蔡政府原本最有把握的對日關係，反倒陷入僵局，最重要的CPTPP也無法推動，結果動到駐日政務副代表郭仲熙，目前做滿四年，卻沒有依照三年或六年輪調慣例，直接召回擔任台日協會秘書長，換上吳釗燮信任的前秘書長、知日派的蔡明耀，等同架空謝長廷，要貫徹政府高層意志。
政大國關中心研究員蔡增家：「其實日本對於謝長廷，感覺到其實是非常非常失望，蔡明耀來駐日擔任副代表，當然有一個很重要就是什麼，重啟一個溝通的管道。」
外交部發言人李憲章：「我想外界對(架空)這個部分的猜測，臆測有點過頭了充滿想像力，我們外交部雖然有三到六年的任期，海外任期的規定，但也因為國內相關業務的需要，做彈性的安排。」
外交部呼籲「不要再分彼此」，團結打艱困的外交戰，但會有這樣的傳聞，也只能說無風不起浪。
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