外界點名北農總經理吳音寧是造成這次民進黨在大選慘敗的原因之一，眼看29日北農就要召開董事會，農委會主委林聰賢突然拋出「吳音寧階段性任務完成」，暗示她即將下台，將要跟北市府談新人選，不過柯文哲說人選是農委會要提，他只希望新總經理能符合專業，並且要去議會備詢。
首度表明吳音寧該下台了，北農董事會召開前夕，農委會主委林聰賢，突然宣告總座換人當，台北市長柯文哲開條件。
記者vs.柯文哲：「我從來沒有要把這些，當什麼選舉的樁腳組織，我只要求是專業，不要再搞，不要再政治任命，就專業人士就OK了，(你覺得吳音寧專業嗎)，(你不是要看她的表現)，(你覺得她的表現如何)。」
柯文哲：「雖然專業但終究是這樣，還是要上議會，對我來講，你只要上議會去質詢，你不要不來然後我都上去當砲灰，我是不爽在這個地方。」
直指吳音寧做自己，卻也連累到自己，依照慣例，總經理人選將由農委會提出，是否跟民進黨藉由撤換吳音寧開啟白綠合作，柯文哲避重就輕。
柯文哲 ：「對我來講我當年 ，我2014要選台北市長的時候，北農的董事長是誰我也不知道，總經理是誰我也不知道，當時總經理韓國瑜，然後當了兩年多，我也從來沒有去動過他，我是覺得這樣，我的態度是這樣，少一點政治多一點專業。」
吳音寧成為民進黨敗選後，另一個究責下台的對象，雖然柯文哲說一切尊重，但也立刻開出符合需求，要趁機剔除困擾自己的頭號麻煩人物。
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