馬總統上台後，民眾期待他能興利除弊，在除弊的部分，面對民眾質疑，檢調步調太慢，總統認為偵辦的速度真的已經算快了；對於陳前總統是不是涉及其他還未曝光的弊案，總統露出了口風，但強調他不便說明，就交由檢調調查。
總統馬英九：「我覺得大家因為每天都有報導，就等得很心焦，但是如果從司法案件來看，這個算是非常快的，真的，因為這麼多的線索，那麼多的人，還有這麼大的金額，能夠到現在從外界報導來看，從程度來看，我覺得這個算是很快的了。」
TVBS主播李四端：「陳總統可能涉及把國家機密的文件帶走了，您覺得這個事情嚴不嚴重？」馬英九：「我在報上看到這個消息，我就指示我們秘書長，趕快成立一個專案小組，把相關單位包括國安會、國安局，還有外交部，其他單位都找來，只要這些文件有涉及這些單位的，都由這個專案小組會同去查，到底它是不是密件，能不能夠帶回家。」
李四端：「您看到您的前任總統，還有其他涉及國家安全的、重大的不法事件，你自己發覺還有其他的，或是總統府還在追查，有沒有其他的事情？」
馬英九：「有些話我不能講，因為正在司法調查中，但是我們有在其他方面，在跟特偵組配合。」
李四端：「您不願透露是什麼事？」馬總統：「對，因為正在偵查中。」李四端：「嚴不嚴重？」馬總統：「我真的不便、不便。」李四端：「這就讓檢調機關來處理吧。」
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