台灣的禽流感疫情之後，地方政府現在啟動自主防疫，像是宜蘭縣就在北宜公路上面設置攔查點，只要活體禽類沒有證明，就禁止放行進入宜蘭境內，不過現在專家認為防疫最大的問題，是政府不願開放病禽流感的病毒序列，導致學界的能量無法協助防疫，這一點和英美國家的作法非常不同，學者認為，這也是台灣防疫落後先進國家的原因。
小貨車上頭載滿活的白肉雞，防疫人員不敢怠慢，先請駕駛下車，幫他的鞋底消毒，接著消毒人員全副武裝，朝整台車子噴灑消毒藥劑。
記者李彥穎：「你現在看到這些活禽，是由宜蘭境內運往台北的環南市場，那麼防疫人員還是不敢輕忽，將整台車進行消毒作業，這樣子的攔查站是宜蘭現在的最高規格，目前只要是活禽，提不出證明就不給放行。」
宜蘭縣防疫所技士趙從泰：「執行的標準就是，不准經由花蓮縣這邊的活禽運輸車輛，包含空車不准進入宜蘭縣境，那其他縣市其他地區的活禽運輸車輛，含有空車都必須經由指定的道路，也就是台九線，那經過我們的攔查站消毒之後，才能夠進入我們宜蘭縣境內。」
一台貨車從台北的方向行駛過來，但貨車後方用布包著，看不出所以然，防疫人員要求駕駛掀開布幕，經過證實的確只是水果籃，防疫人員這才放心讓車通行，畢竟不怕一萬只怕萬一，這樣的行動看在中央政府防檢局也給予肯定。
農委會防檢局長黃昌：「當然有效果！但是這個防疫措施要因地制宜，因為宜蘭、花蓮還有台東，他們相對地理位置、還有飼養的方式相對單純；但是如果在西部的話，像有些大縣雲林啦、彰化啦，那如果發生疫情的話，難度當然就相對比較高。」
只不過現在花蓮的小鴨、台南的火雞先後出現H5N6禽流感，疫情出現擴散趨勢，看在學者眼中政府動作還是慢半拍。
台大流行病學與預防醫學研究所教授金傳春：「請問你不公布病毒基因序列，你怎麼知道有基因重組呢？」
金傳春教授解釋，政府不開放病毒資料，形同不讓專家參與，這是為什麼國內的防疫工作，一直落後其他先進國家的原因。
台大流行病學與預防醫學研究所教授金傳春：「美國當然是公布的，那我看英國也都公布，現在有一個趨勢，禽流感做得比較好的國家，都很願意公布；那我們台灣最近幾年有點弱。」
農委會防檢局長黃昌:「家畜衛生試驗所，都公布在禽流感的專區，那像這一次的H5N6，他們事實上也完成了重要基因的比對。」
對於學界的抨擊，防檢局澄清其實國內對於病毒的序列都已經公開，但是學者對於國內防疫的資源整合，還是覺得不夠！
台大流行病學與預防醫學研究所教授金傳春：「要用心地配合新時代，因為我覺得台灣的電腦強、資訊強，所以你這資訊如果共享大數據以後，馬上就知道這個防疫措施是成功還是失敗。」
農委會防檢局長黃昌：「台灣第一個我們土地就這麼大，然後小飼養戶又那麼多，所以我們的風險是真的比國外要高，所以能夠把這個H5N6擋到2月5日才確診，中央還有地方的防疫人員都已經盡力了。」
防檢局信心滿滿，強調目前列冊追蹤334人，至今還在列管者89人，包括宜蘭72人、花蓮1人、台南16人。但是目前禽流感最難防範的，是禽類有可能帶著病毒卻沒有發病，再加上這一類禽流感容易發生基因重組，防堵起來又增加困難性，所以毒物專家現在呼籲，防疫工作應該從每個人來做起。
長庚醫院毒物實驗室醫師顏宗海：「有時候民眾會想要吃一些糖心蛋啦、溫泉蛋半生不熟的蛋，我想這時候應該要避免，然後也不要說跟一些野鳥、跟一些鴿子在玩耍，到目前為止沒有證據說它會傳給人，可是還是應該要避免。」
長庚毒物實驗室解釋病毒怕高溫，為了以防萬一雞肉、雞蛋都要煮熟，同時這段時間，也盡量不要接近養殖場及餵食禽鳥，尤其不要讓小孩餵食野鳥、鴿子，更不要自己宰殺禽肉，專家呼籲防堵禽流感，最怕有人鐵齒，全民保持最高警覺才能一起度過危機。
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