郭瑤琪突然辭職，蘇貞昌說他非常錯愕全力慰留，不過有消息傳出，新聞局長鄭文燦，上禮拜跟一位藍營委員餐敘，透露蘇貞昌不滿郭瑤琪，暗示藍軍可以放手，轟郭瑤琪下台，不過鄭文燦澄清，當時是立委在批評郭瑤琪，他只是不方便辯駁，所以引發誤會。
郭瑤琪辭意這麼堅決，現在傳出原因，可能是聽到蘇揆早就對他不滿，有消息指出，上週五新聞局長鄭文燦，在民生東路參加聚會，向同桌的一位重量級藍營立委透露，蘇院長對郭瑤琪忍無可忍，在野黨可以放手轟郭瑤琪下臺，當事人趕緊澄清。
新聞局長鄭文燦：「這個是誤報啦，因為有立委批評郭瑤琪啦，那是一個私人的聚會，在現場不方便辯駁，院長是跟他(郭瑤琪)講說，是不是能夠跟家人商量一下，繼續幫國家服務。」
解釋是藍營立委砲轟，鄭文燦卻沒有當場幫郭瑤琪辯駁，讓國民黨另有解讀。國民黨書記長蔡錦隆：「我覺得每天這樣互相的奪權，應該是每天都在上演的。」
郭瑤琪這一走，牽動了蘇貞昌與扁系閣員的微妙關係，就算辭職了，還是風波不斷。
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