在公開信中，李遠哲說，以色列人與巴勒斯坦人的歷史，從小就一再觸動他的心靈深處，使他不時想到，所摯愛的台灣。我們要進一步解讀，以巴歷史，跟台灣歷史有什麼相同之處，以及李遠哲所提到以巴犯的錯誤，跟台灣犯的錯誤，到底是什麼？
李遠哲的有感而發，這裡開始，李遠哲說，以色列人與巴勒斯坦人的歷史，從小就一再觸動他的心靈深處，使他不時想到，所摯愛的台灣。為什麼，這段歷史，李遠哲特別有感觸。政大阿語系主任利傳田：「以色列跟巴勒斯坦真正的衝突，起源於1948年，因為以色列是在巴勒斯坦人，的領土上宣佈獨立，成為以色列這個國家，當然巴勒斯坦人，不會承認這個國家，於是從1948年開始，以色列跟巴勒斯坦人，就發生軍事衝突，一直到現在都還在衝突當中。」
同文同種，卻爭得你死我活，李遠哲說數十年來，這兩個民族雖深陷艱困的環境，卻從不放棄追尋自己的理想，並各自做出驚人的犧牲，也犯過嚴重的錯誤。利傳田：「李遠哲引用以色列民族間的衝突，來看台灣也是省籍的衝突，為什麼，因為以色列跟巴勒斯坦，是同一個祖先的民族，在台灣的話，有客家人、閩南人、外省人，不同省籍的人，其實都是中華民族，這跟以色列跟巴勒斯坦人，是可以當做一個例子比較的。」
李遠哲說，台灣既不是以色列，也不是巴勒斯坦，但台灣同樣有自己的苦難歷史，也因為不放棄追尋的理想，並為此做出驚人的犧牲，這犧牲，是什麼？利傳田：「所謂的228事件，政府可能做了一些不對，民間當時也不讓中央政府來台，所以等於是反對中央政府，撤退在台灣，以李遠哲的看法來說，雙方都是錯誤的衝突。」
前教育部長曾志朗，跟李遠哲都是國政顧問團成員，剛下飛機就看到這封公開信。前教育部長曾志朗：「我非常欽佩李遠哲，在這個時候願意講這樣的話，我覺得這很難，以他的地位、睿智，但我覺得李院長，也是經過思考之後，他覺得這樣的做法，這樣的雙贏，對國人是提升的作用。」
以陳總統思考去留，是為台灣犧牲，李遠哲給陳總統留了下台階，而記取以色列，巴勒斯坦的教訓，李遠哲更要提醒，台灣的未來不能因為政客操弄、撕裂、流血。
