桃園機場捷運6月6日接獲民眾檢舉，桃捷公司委託檢驗飲水機水質廠商的採樣過程疑似有瑕疵，於8日無預警停用全線22站（含青埔、蘆竹機廠）的飲水機，在停用時公司並沒有向員工說明原因，遭員工質疑：「大家喝了多久的問題水？」，對此，桃捷公司說明表示，桃捷公司立即進行內部調查，了解廠商履約是否按照法規執行。
據《自由時報》報導，桃捷公司8日無預警在全線各站提供旅客飲用的飲水機貼上暫停使用牌子，有員工指稱，公司後續在line群組上公告，「因飲水機的檢測數據有疑慮，公司尚待確認中」，但大家無法理解的是，「發生狀況公司卻不說明到底發生了什麼？到底檢測到了什麼？如果出現會危害身體的狀況，是不是就錯過了就醫時機，是不是就無法向醫師醫院說明病因」。
對此，桃捷公司說明表示，6月6日接獲民眾檢舉本公司委託檢驗飲水機水質廠商之採樣過程疑似有瑕疵，桃捷公司立即進行內部調查，了解廠商履約是否按照法規執行。桃捷公司解釋，為確保引用安全，採預防性暫停供水，並重新檢驗飲水機水質，全線97台飲水機請環保局協助抽檢採樣，另委託公正第三方檢驗。除將飲用水重新送檢外，桃捷公司也主動同步逐站完成更換A1至A22站公共區1台飲水機5道濾芯作業，並於10日開放使用該台飲水機供旅客使用。
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