由法務部、外交部組成的17人調查小組，包括刑事局首席測謊專家與彈道專家，一行人浩浩蕩蕩前往菲律賓展開調查，但是原本期待同意的聯合調查，也因為菲國態度轉硬，晚間確定破局，調查團最快明天回台，而調查團從16日下午抵達菲律賓後，到今天中午都只能在我國駐菲代表處開會，透過電話和菲律賓的司法單位窗口進行協商，初步只拿到3頁的官方調查報告，直到下午調查小組的代表才和對方司法單位人員見到面，但對方只聽我國代表說明需求，態勢似乎已經從合作轉向拒絕。
記者：「有沒有對口單位？到底有沒有人跟我們聯繫接洽？」調查團成員：「我們有結果再跟各位報告。」
被問到菲律賓對口單位，調查團員就是不肯正面回應，像做錯事的孩子一樣快閃離開，領隊陳文琪也繃著一張臉，接駁車在馬尼拉市區繞了一會兒，最後停在駐菲辦事處，17個人早上的行程跟前一天一樣，繼續關門開會。
駐菲辦事處組長：「在密切接洽中。」記者：「那是跟誰呀？跟哪個單位？」
外交部辦事處重申，調查團真的是透過當地司法單位安排，才會到菲律賓調查漁船槍擊事件，16日抵達的時候陳文琪還信心滿滿，到了晚上變成落寞地在飯店開記者會，說好的聯合調查呢？
白熙禮：「台灣調查人員也會到菲律賓，進行調查和蒐集證據。」
15日凌晨第一次通牒，白熙禮在外交部開記者會，同意雙方聯合調查，下午菲律賓特使裴瑞茲抵台，法務部也收到外交部消息，決定派出調查團，但因為菲律賓沒有誠意道歉，16日白熙禮、裴瑞茲被請回，狼狽離台的同時，調查團也在菲律賓遭到拒絕聯合調查的通知。
法務部次長陳明堂：「為什麼突然間那邊有說不了解(台灣團調查)，或是什麼原因呢，其實我們不了解，今天早上我們繼續做溝通協調。」
外交部長林永樂：「我方的調查小組在出發前2天，已經正式的出具了我們的司法互助請求書，也透過我們駐菲律賓的代表處轉交給菲方，並且跟菲方一直保持密切聯繫。」
從合作到拒絕，抵達菲律賓24小時後，調查團只拿到一份從當地報紙上就能知道的調查報告，如果這是最後結局就真的尷尬了。
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