針對台灣漁船被撞沉，日本海上保安廳首度鞠躬道歉，對於事件本身表達「遺憾」，對於船長受傷，則是用「道歉」字眼；根據日本媒體的報導，保安廳還說願意賠償台灣漁船的損失，只是台灣方面沒有提出要求，而日本官房長官今天也表達遺憾，不過針對的是，保釣行動中，「台灣侵犯日本領海」，官房長官希望相關人士冷靜理智。
星期天晚間深深一鞠躬，日本11管區海上保安本部長，首度表達「遺憾」與「道歉」，這個舉動，日本共同社的解釋，是因為台灣漁船沈沒而「謝罪」。
然而短短幾小時後，日本官方發言又出現遺憾2字，不過針對的點是台灣侵犯了日本領海。日本官房長官町村信孝：「發生了領海侵犯的事情，誠感遺憾，釣魚台群島是我國固有領土，這件事情是沒有異議的。」
日本保安廳也公佈了一段最新畫面，這是日本方面拍攝到，日本巡邏艇追逐台灣船隻的畫面，日本官房長官認為，日方透過外交途徑已經再三警告過，沒想到，還發生了這樣的事情，日方公開呼籲各方對保釣要冷靜理智。
町村信孝：「不能因為這回發生的事態，造成鄰近諸國區域和平混亂，因此相關人士都有必要冷靜的處理。」
接連衝突後，日本媒體緊盯發展，讀賣新聞跟產經新聞都寫到，台灣船隻是為了抗議聯合號撞沈事件，而展開保釣行動；日本共同社報導，日本保安本部願意針對聯合號事件進行賠償，不過台灣方面還沒有提出賠償要求，保釣事件對台日關係的發展，確定掩蓋了沈船，成了最受日本媒體矚目的焦點。
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