南部地區淹水，造成主要養豬的幾個縣市損失慘重，包括嘉義、台南、高雄、屏東，加起來超過11萬7千多頭豬溺斃，為了避免爆發傳染病，國軍化學兵出動消毒環境。大批的死豬也引發後續處理問題，台南地區大批死豬，運到不能掩埋有機體的灰渣掩埋場，發臭流出屍水，讓居民氣的大罵台南縣長，根本就不管他們死活。
住戶：「很臭就是了啦，屍臭啦，叫縣長來埋在這邊就好。」
這罵的真的有點難聽，但是也不難想像為什麼住戶會這麼生氣，農田裡面都是白色的髒水，還散發出濃濃的屍臭味，這些都是隨便掩埋死豬，造成的污染狀況。
TVBS記者郭岱軒：「走進安南掩埋場就可以聞到撲鼻的臭味，這邊後面已經堆滿死雞跟死豬的屍體。」
民眾：「這就是蘇煥智一定有拿錢，不然怎麼會全部的死豬都要運來安定鄉。」
屍臭味實在讓人忍無可忍，居民聚集在掩埋場門口抗議，警方拉起人牆戒備。更讓居民生氣的是，這裡本來就是不能掩埋死豬的灰渣掩埋場，怎麼會埋到臭味薰天，一問之下才真相大白。掩埋場人員：「養雞的、養豬的死亡之多，化質(掩埋)場裝載不下量。」
光是台南地區就死了25300多隻豬，兩手一攤，沒地方埋，官員也無計可施。同樣災情慘重的還有嘉義和屏東地區，嘉義2萬5千多隻豬溺斃，國軍也派出化學兵，緊急消毒避免爆發傳染病。消毒過後第一件要做的事情，就是得鋸斷扭曲的欄杆，把死豬盡快焚化。南台灣重創，光是豬就死了11萬7千多隻。
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