造成普悠瑪翻覆意外的主因，目前還在調查當中，不過台鐵面對界質疑的聲浪，說詞反覆，甚至意圖要把責任都推給司機一個人扛，立委就痛批台鐵太過官僚。雖然有行政院外部調查小組，但立委黃國昌爆料，裡面的部分成員身上都有台鐵的標案，根本沒有可以信任的第三方單位。
立委痛批，普悠瑪發生翻覆意外，台鐵不斷用謊言欺騙社會大眾，除了主風泵沒有可以檢測的器材；台鐵日前說2010年斥資1700萬，針對所有列車加裝ATP遠端監視裝置，但因普悠瑪在2012、2013年引進，因此沒有在普悠瑪上安裝，卻立刻遭到立委打臉。
立委(時) 黃國昌：「其實ATP跟遠端監視系統之間連結的裝置，在普悠瑪上面是有裝的，但是它卻沒有把線頭接上，如果真的接上的話，那套系統跟我們現在的遠端監視系統，彼此之間是相容的。」
台鐵產業工會秘書長蕭農瑀：「說辭都反反覆覆，反而是他不斷地把這個責任，整個事故的責任推給第一線的司機員，這些工作SOP的制定，應該要納入工會一起討論。」
連桃園市機師職業工會都發聲明稿聲援司機，提到不該用個人疏失推卸整體系統管理疏失。
桃園市機師職業工會理事長李信燕：「重點在為什麼會發生，而不是去追究這個當事人，為什麼會這麼做，重點是在這個系統上，到底是出了什麼樣的問題，是在程序上在訓練上。」
而台鐵這幾年大小出包不斷，根據統計台鐵去年出軌事故共14件，累積誤點8250分鐘，逾6萬人次旅客受影響。但都是台鐵行保會或鐵道局監理調查小組，台鐵球員兼裁判，因此行政院長賴清德也指示交通部把陸、海、空大眾運輸，整併成為國家運輸安全委員會，相關草案會在下個月前送到立法院。
立委(時) 黃國昌：「絕大多數都是行政官員，甚至少數參與的外部委員當中，裡面有相當高比例的，他所屬的公司根本就是每年對於台鐵，有大量的採購標案。」
其實台鐵會出現重大意外不是沒有脈絡可循。
記者呂蓓君：「 其實這幾年，台鐵一直都有人力缺乏的問題，我們從預算員額開始看，1999年預算員額還有1萬8千多名，到了2016年下滑到1萬4千多名，衰退幅度超高達兩成以上，同時間車站數卻不停的成長，2007年車站數有219站，到了2016年成長到228站，每日的載運量也不停的往上成長，從46.5萬人成長到63萬人，再加上台鐵的人口結構M型化，種種原因都不利於台鐵長期發展。」
台鐵產業工會說工作環境差壓力大，因此離職率高達三成，包含運、工、機、電人力都相當缺乏，不只人變少了，其中更嚴重的是人力斷層問題。
台鐵產業工會秘書長蕭農瑀：「新人的離職率大概是三成，其實非常非常高，在技術上不管是車輛或鐵軌的維護建修，他其實老師傅養成一個新師傅，其實需要好幾年的時間。」
從人力、管理、最後再到制度面，如同瑞士乳酪理論，各種漏洞穿過每一道防護措施，最後發生意外，交通安全環環相扣，只要每個細節多注意一點，遺憾或許不會發生。
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