台灣的國產黃豆都是非基改，但如果是進口黃豆，就不一定了，根據食藥署統計，有將近97%的進口黃豆都是基改。但在市售的黃豆食品當中，幾乎都是標示「非基改」，民眾懷疑有落差，會不會是業者標示不實？食藥署也表示，進口黃豆一定都會從源頭輸入，就開始查起。
連鎖超市買豆漿，外包裝標示幾乎都是「非基改」，彷彿變成一種民眾購買的安心指標，但黃豆到底是不是非基改，外觀難以分辨，食藥署統計，去年稽查發現5%標示不合格，基改標成非基改，還有不須標示基改，業者也硬要標示非基改，國內進口黃豆中超過97%都是基改，更何況消費者如果到傳統市場購買，連外包裝都沒有。
食藥署食品組簡技鄭維智：「輸入業者在輸入相關的基因改造，或非基因改造食品的時候，就從源頭進行區分，有標示不實或者是沒有標示，主要是在標示的缺失。」
台灣黃豆分國產和進口，國產法規一定是「非基改」產量逐年增加，但國外進口黃豆兩者都有，以104年來說，進口總量260萬公噸，其中253萬公噸都是基改黃豆，但9成5都是作為食用油，根據食藥署統計，市面上黃豆食品，基改跟非基改幾乎是1比1。
食藥署食品組簡技鄭維智：「我們可以透過供應商的查廠，就可以正確的來判斷產品是不是如實的標示。」
民眾聽到基改食品感覺怕怕的，但專家說，目前沒有足夠的醫學證據證實基改食品對身體有害，但多數民眾還是有疑慮，今年7月開始，食藥署也加強進口黃豆的管理，尤其是邊境分流，將基改和非基改分類，更要求下游廠商，只要食品是「基改」就一定得標示，違者可處4萬到400萬元。
