選前48小時，中研院長李遠哲再度挺扁，但一個多月前，李遠哲和王永慶、林懷民登報發表聲明，讓外界一度以為他已經不再支持陳總統，不過李遠哲說，他希望台灣向上提升的想法，從沒改變，而最近接到許多民眾的詢問，讓他覺得有責任要讓民眾知道，四年前支持陳總統的人，現在在想什麼。
中研院長李遠哲︰「我個人表示，我的這一票投給陳呂這一隊，這是我個人的看法。」
中研院長李遠哲，終於公開表態，不過一個月前，李遠哲的態度還是相當保守。中研院長李遠哲(2004.2.23)︰「如果我覺得哪一組會有更好的表現的話，我會表示你的看法。」國民黨立委關沃暖︰「你會表示你的看法。」中研院長李遠哲(2004.2.23)︰「如果有人問我投誰，我會的。」國民黨立委關沃暖︰「我現在問你投誰，你會不會講。」中研院長李遠哲(2004.2.23)︰「我還不曉得。」
選前一個月，態度從低調不願回應，到公開表明立場，究竟關鍵點在哪裡。中研院長李遠哲︰「最近很多很多的信，很多很多的電話，傳真、E-mail都在問，李院長你現在想什麼，如果有人來問，這四年來真的向上提升嗎，我說我們在學術界，在科技界，在中央研究院，或者是國家衛生研究院都看到很強勁的一股力量，在向上提升。」
事實上，陳總統是多次主動和李遠哲聯繫，針對族群、兩岸關係、掃除黑金、用人唯才等議題交換意見，李遠哲在獲得陳總統承諾後，先以公開聲明的方式挺扁，隔天更是現身，和陳總統一起露面。
再一次明確表達支持陳總統，萬一是連宋當選，李遠哲這樣回答。中研院長李遠哲︰「美國的很多大學，都在想辦法吸引我，這確實是真的，不只三個世界有名的大學，我會留在台灣，和台灣的家鄉父老同甘苦。」
學者性格，讓李遠哲和藍綠人士特性大不同，但社會對他的高度關注，讓他一再涉入政事，只是歷經四年的爭議不斷，李遠哲的挺扁方式，微妙中見調整。
