國親提出選舉無效之訴，其中有一個理由，是認為這一次總統大選，廢票比例過高。
透過圖表，比較3次總統大選的無效票票數可以發現，1996年跟2000年總統大選，無效票的票數，分別是11萬7千跟12萬2千，大約佔領票總數的1%。而這一次大選，被認定為無效票的，有33萬7千多張，比例是2.5%。不過廢票比例比過去選舉高，跟民間發起「投廢票運動」有沒有關聯？或者是選票認定從嚴造成？還是另有原因？則還有待釐清。
選舉 無效票數 有效票數 無效票比例
1996 117160 10766119 1%
2000 122278 12664393 1%
2004 337297 12914422 2.5%
