行政院發言人林佳龍晚上表示，有關連戰要求成立彈道、醫療小組，調查總統槍擊案，他說總統府以及刑事局已經說明，至於全面驗票要求牽涉司法單位權限，行政院已經協助選票的封存，不可能越線指揮司法體系，只為配合連宋的政治要求。
行政院發言人︰「至於是否要另外成立一個由國內外專家所組成的彈道鑑定小組，因為這樣的要求並不符合法定的程序，而且也變相的否定了刑警局他們專業鑑定的權威跟公信力，但是，院長也特別表示，如果任何人對於刑警局的鑑定結果有疑問的話，歡迎赴刑警局來交換意見，那這些包括不論是立委或是專家，刑警局都歡迎他們赴局裡去交換意見，另外，在有關於要成立一個醫療鑑定小組方面，游院長表示，奇美醫院是全國性的教學醫院，也是台南地區最好的醫院，在醫界頗受尊重，奇美已經對外說過總統受傷情形的詳細說明，應該可以取信於社會大眾，另外，總統府今天也進一步公佈了總統在受傷醫療過程的照片跟錄影帶，這是最直接的證據，如果連宋兩位主席或馬市長或王院長，還要要求由他們來驗傷，或是他們派人來直接看總統是不是有受傷，站在行政院的立場，認為不盡合理，所以不便答應，大家可以想想，行政院是總統的下屬機關，來做這樣的承諾，是相當違背行政倫理的，而且相關的資訊也已經相當充分了，另外，連宋兩位主席要求要組成驗票專案小組方面，由院長的態度是，驗票是司法單位的權責，這是依據法律的明確規定，行政院不能越廚代庖，何況連宋兩位主席既然提出選舉無效之訴，則中選會將成為被告，怎麼反過來，由中選會或行政院來主導驗票的工作，這是相當矛盾的，另外目前高等法院已經裁決，要封存所有選票，行政院事實上也不能夠直接來處理這些選票，因為這已經在司法的程序當中，否則的話，這樣也將違背權力分立和依法行政的原則。」
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