這場官司，藍營一開始就以公投合法性、槍擊事件，還有大選前啟動國安機制提出質疑，不過綠營也不甘勢弱，馬上對藍營只提出的「半邊驗票」，只驗陳呂得票的方式，根本是拖延驗票時效的訴訟技巧。
藍綠交鋒有攻有守，第一階段，藍營律師一口氣提出三點，依選罷法17和24條規定，總統選舉不能和公投同一天舉行。
第二點，319槍擊當天，民眾擔心總統安危，既然陳水扁傷勢穩定，應該在第一時間公布影像，安定民心，結果是遲到晚上10點，明顯影響選情。還有，違法啟動國安機制，讓軍警人員無法行使憲法所賦予人民的投票權。
這時，綠營律師回應，國親要求只驗1號半邊票和交出工作名冊，違反陳水扁當初答應的同意全面驗票。否則就讓驗票回歸法律面，原告需提出証據，証明有問題的票，不能光靠沒有証據的檢舉電話。
第二階段，藍營姜志俊再提出選罷法104條規定，「當選人票數不實，足以影響選舉結果之虞」，所以應該驗1號半邊票。綠營再反駁，你的意思就是承認1號陳水扁當選？雙方在文字上打轉，但藍營執意這麼做，綠營律師顧立雄發飆。扁呂律師團發言人顧立雄：「驗票結果是求取社會安定，而不是驗票結果引起社會更大動盪，你如果不驗2號票的話，你可以想像社會的動盪有多難平息。」
連宋律師團律師姜志俊：「他說把政治動盪歸我們(藍營)是不公平說法，因為大家都希望透過法律，人民以理性和平態度，對法律上的規定，儘快讓事實釐清。」
再談到驗票費用，藍營認為這是全國性議題，非一般民事訴訟，所以應由國庫支出，綠營反駁，既然由藍營提出，應該就由原告付費，雙方辯論，就驗票範圍、費用或方式，都沒有交集。
