選舉爭議，藍軍緊咬啟動國安機制問題，要求軍方說清楚320當天究竟有多少軍人不能投票。根據TVBS掌握的獨家消息，國防部長湯曜明在319槍擊案發生後，並不像外傳曾經召集會議，要求增加留守人數，實際上他只打了幾通電話，要大家加強戒備。至於軍方為何不能公開真正的留守人數，國防部強調是因為法律規定。
正副總統319 中槍之後，國安機制立刻啟動，外界質疑國防部長湯曜明，319召集軍事首長開會，增加了戰備留守人數。但是根據TVBS獨家掌握的軍方權威消息，湯曜明在319下午2點左右，就知道總統和副總統受傷，當時由於情勢不明朗，因此湯曜明在兩點半鐘，打了第一通電話給空軍總司令李天羽，要求嚴密監控解放軍動態，還通令所有情報單位，提高警覺。而湯曜明的幕僚，也隨即要求部隊主管5點準時回營。
湯曜明隨後到總統府參加國安會議，向行政院長游錫堃報告當時的敵情動態，並且請示是否提前進入重點戒備時期。根據資料顯示，湯曜明在3月19日並不像外傳，召集過軍事首長開會，增加留守人數，因為有關戰備留守的執行計畫會議，早在3月17日就已經召集過。
從本台掌握的會議紀錄來看，這場會議是選前兩天的晚間6點鐘舉行，所有高階軍事將領幾乎全數到齊。湯曜明在會中作出3項裁示，就是要求留守人數一定要依照法規辦理，更要求各級部隊，都不可以以任何理由在320當天，要求休假官兵臨時留守或是禁足。而3個月前就完成的留守名冊，任何人都不可以變更。
軍方提出各種資料，全力證明大選期間的戰備留守，絕對沒有選舉考慮，但軍方卻始終沒有公佈正確的留守人數，只公布了依法留守約為3萬7千多人。這是因為依據國家機密保護法，戰時兵力和任務編組，都是軍事機密，不能公佈，但公佈留守人數約為3萬7人，只是希望化解外界疑慮。
