國防部長湯曜明，選後向行政院長游錫堃請辭，原本的理由是健康不佳，但現在卻傳出另有內幕！國民黨立委廖婉汝透露，湯曜明在投票前一場軍方高層會議中，堅持留守官兵不得外出投票，遭到部屬質疑行政不夠中立，包括參謀總長李傑等4位高階將領，還因此在選後集體請辭，為了表示清白，湯曜明也辭職明志。
國防部長湯曜明堅持掛冠求去，選後鮮少露面的他，對於請辭的原因，態度始終低調，說是身體出了狀況，現有不同的內幕傳出。國民黨立委廖婉汝：「有13312軍人可以投票，就是如果採輪流投票，可以增加的投票人數，但是部長說他不准，如果去投票的話，軍法審判，318我們去國防部抗議的時候，他們就有好幾個說準備辭職了。」
國民黨立委廖婉汝透露，湯曜明會有這樣的決定，是國防部在3月17日召開了一場會議，率先發言的，是參謀總長李傑，他認為應該依照過去選舉慣例，彈性讓留守官兵外出投票，結果這樣的意見，遭到湯曜明怒斥，堅持依照規定不得外出，擅離職守，一律法辦，就連副部長林中斌在一旁想要打圓場，都換來湯曜明一頓斥責。沒想到後來發生319槍擊案，湯曜明因此遭部署質疑立場不公，參謀總長李傑和3位副參謀總長因此集體請辭，湯曜明為了表示清白，堅持求去。國防部坦承，317當天，確實曾經召開這場會議，但是沒有任何人因而請辭。
國防部發言人黃穗生：「湯部長也好，總長也好，從來沒有接獲這個總長，或是3位副總長任何口頭，或是書面請辭，而且總長跟3位副總長自任職以來，都一向是全心全意投入工作，同時也堅守行政中立，跟不涉入政治的立場，我們3月17日在下午6點鐘，我們舉行一個會議，也就是針對戰備的規定，我們進行研討會，大家把意見能夠知無不言，言無不盡，來互相的討論。」
大選爭議延燒，湯曜明請辭的時機跟動機，在軍方內部與政壇，出現不同的內幕解讀，甚至還牽引出國防部長繼任人選的角力戰。
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