這次總統大選藍綠陣營打的激烈，在競選經費上也比2000年時高出許多，根據兩陣營向中選會申報的資料顯示，扁呂配共支出12億2千多萬，連宋配的競選經費是8億1千多萬，比選罷法規定的4億元競選金額上限，高出許多，但是礙於法令沒有罰則，中選會主委黃石城說，超出的部分不罰。
一場總統大選下來，藍綠陣營到底花了多少錢？根據扁呂陣營跟中選會報告的資料顯示，民進黨這次大選支出5億4千萬在廣告上，其次是動員支持者出席的造勢晚會所需的費用，也就是集會類的支出共花了4億6千萬元，總計民進黨在這場大選中，共花了12億2千多萬。
至於連宋陣營則向中選會報告，他們花了8億多打選戰，其中廣告就佔了7億5千萬，只是兩陣營單單一項宣傳類支出，就超過了選罷法規定的競選經費最高金額4億元，罰不罰？黃石城的回答很直接。記者：「超過的部分怎麼辦？」中選會主委黃石城：「不罰，因為法律沒有規定，以後就依照政治獻金法來處理。」
選罷法中對於競選經費的上限，只有原則的規定，而沒有罰責，所以即使藍綠陣營的選舉支出高出了規定好幾倍，也無法可罰，而藍綠陣營跟中選會報告的選舉經費數字跟實際支出差了多少，是就看雙方如何誠實面對。
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