中南部災情嚴重，衛生署疾病管制局提出警訊，災區未來一星期可能發生腸胃道，外傷細菌性感染皮膚病，上呼吸道症狀等傳染病，另外中南部登革熱疫情拉警報，疾管局已經啟動監測系統。
疾管局表示，暑假原本就是登革熱疫情高峰期，加上中南部水災，災後一星期大雨過後天氣放晴，氣溫升高蚊蟲加速滋生，因此疾管局已經啟動病媒蚊監測系統，最快下午會有第一次監測報告，也提醒您清理生活周遭的積水環境和積水容器，避免病媒蚊孳生，而各地環保局像是台北市因應前天大水過後，也將展開戶外環境噴藥。
疾管局擔心災區飲食用水困難，容易引發腸胃道傳染病，其次是因為外傷引起的細菌性感染，可能造成蜂窩性組織炎，另外也要防範上呼吸道疾病和皮膚病。
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