第一場總統辯論的第二個議題，布希以及凱瑞將針對國土安全--反恐問題發表各自主張，基本上兩人都支持反恐戰爭，只是在方式以及戰俘處理上，布希採取較為強硬的態度以及手段。
布希主張主動出擊，孤立恐怖分子以及邪惡國家，建立民主政權並與盟邦合作反恐戰爭，反恐抓到的人是「敵方戰鬥人員」，無權利可言，在「愛國法案」上，給執法單位更多空間。
而凱瑞在反恐主張方面，除了表示要主動消滅恐怖分子，在方式上則是偏向號召國際間的合作，並召開世界反恐高峰會的方式來達成。不過，加強蒐集反恐情報來的比軍事行動有效果，在反恐戰爭中抓到的人應有基本的法律保障，凱瑞並且認為，部分「愛國法案」過了火，必須被限制以保護民權。
