高中歷史綱要大翻案，將首度把舊金山和約與中日合約、與現在所引述的開羅宣言並列在歷史中，引發爭議，因為舊金山合約只註明日本放棄對台灣澎湖的權力，卻沒有說台灣應歸還給中華民國，被質疑支持台獨，而且去中國化。TVBS也專訪編撰小組，否認這個說法，只強調，他們只是陳述事實。
高中歷史課本綱要引起的另一個爭議，是台灣主權定位的問題，破天荒列入歷史教材，除了1943年的開羅宣言之外，教育部將1951年簽訂的舊金山和約，與中日合約也列入歷史綱要，開羅宣言中提到，日本戰敗之後台澎金馬應歸還給中華民國，不過舊金山合約的內容卻是，日本放棄對台灣澎湖的所有權與請求權，並沒提到台灣主權應歸還給中華民國。
等於宣告台灣地位未定論，歷史綱要還以1945年政府遷台為切割點，1945年以前為中國史，1945年以後為台灣史，引起去中國化的爭議，不過編撰小組召集人強烈否認。高中歷史綱要編撰小組召集人周良凱︰「台灣跟中國之間的關係，這個事實擺在那個地方，所以任何人都去不了的，輿論我覺得過分的解讀。」
歷史課程編撰小組表示，課程綱要絕對沒有去中國化，將舊金山合約列入歷史綱要，也獲得十幾位成員一致通過，不過對於台灣定位的問題大翻案，後續效應恐怕還會持續發燒。
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