人球事件進入司法調查，檢方調閱邱小妹妹的病歷，發現補登的診斷指示上頭，除了住院總醫師林致男，也簽上主治醫師劉奇樺的名字；根據北市府的調查，劉奇樺坦承同意林致男替他簽名，但在檢方隔離偵訊時，劉奇樺極力否認這個筆跡。由於整起事件沒有第三者，檢方懷疑劉奇樺說辭保留，可能是為了自保。
TVBS記者王薇：「1月10日邱小妹在仁愛醫院就診的病例，已經被檢方當成證據全面查封，上面有劉奇樺和林致男兩個人的簽名，但是劉奇樺否認名字是他簽的。」
林致男供稱，這份病例是第2天調出邱小妹電腦斷層和X光片，假裝自己有親自看診的口吻，紀錄邱小妹的昏迷指數、插管和急救處置，後面有劉奇樺和林致男兩個人的簽名，但是沒有寫上日期。
林致男向調查小組表示，劉奇樺事先知情，也同意他這麼做，但劉奇樺在接受檢方訊問的時候，全盤否認名字是他簽的，檢方懷疑，有可能林致男仿造劉奇樺的筆跡，偽造簽名，涉嫌業務上登載不實的偽造文書罪，有刑事責任。
不過檢方也不排除是劉奇樺為了脫罪翻供，因為沒有第三名證人可以證明，林致男做假病例的時候劉奇樺在不在場，劉奇樺和林致男原本是當天晚上的一塊值班的醫師，出了問題兩個人都難辭其咎，進入司法程序，卻各說各話。
