石門水庫每次在颱風過後混濁不堪，到底是什麼原因，桃園縣環保團體到石門水庫上游勘查，發現除了是搶通山區道路的施工不當之外，石門 水庫集水區之一的新竹尖石山，所流下來的原水渾濁度很高，才是主因。
這一張張照片可以明顯看到，復興鄉大漢溪和其他支流的水質還算清澈，但是，來自新竹尖石的亞克金溪、泰岡溪、馬里光溪的匯流處，可以明顯看出，黃澄澄的水，相當混濁。
桃園環保協會總幹事鄭武雄：「水的濁度非常高，所需要的時間、方法，技術性的問題就比較難克服。」
桃園縣環保協會表示，石門水庫原水2/3來自新竹尖石山區，桃園縣復興鄉則是佔1/3，前天他們順著主流向上探勘，發現主流水質黃澄，但是到了匯集處，卻發現來自新竹的水渾濁不堪，應該就是造成石門水庫原水渾濁的主要原因。
桃園環保協會總幹事鄭武雄：「新竹部份五峰鄉下來的水很渾濁，大漢溪本身的水就很清澈，匯合到石門水庫之後才會變成非常渾濁。」
另外，由於颱風導致山區路面坍塌，為了搶通道路，施工時任意棄置廢土，讓山區逕流，把土方帶進河床，污染水源，也是造成石門水庫混濁 的原因。事實上，這幾次的颱風，已經有大量土石堆滿上游20幾個欄砂壩，儘管缺水問題已經解決，但要根治，恐怕得加強石門水庫上游的水土保持，否則就算再多的取水管，也難保下次還會有缺水的窘境。
