有民眾檢舉，混元全台弘法的8處道場中，有4處是違建，其中位於南投國姓，佔地1萬5千坪的仙佛寺，更是超級大違建。混元承認，仙佛寺確實沒有建築建照，他很樂意把廟給拆了，變更作花園還可以收門票錢，混元法師還突然說，要不是他幫台鐵改風水，前天出軌的列車搞不好就出人命了。
南投國姓鄉仙佛寺，是混元禪師的弘法道場，民眾檢舉這是一處大違建，面對外界的風雨，混元禪師沒迴避，他照樣公開講課，不過他先說的是為台鐵改大門改風水，真的很有用。
混元禪師：「若是當時沒有改風水，今天就換成前天那列車你的家人也許在裡面，傷到生命。」
混元說他擅長大事化小，違建風波卻化不掉，南投縣政府工務局表示，仙佛寺沒有建照，也就是說佔地1萬5千坪的寺廟，是個存在13年的大違建，混元承認違法，他說自己很樂意把廟給拆了。
混元禪師：「我們錯了！就要自己拆，拆了我也很高興，我可以做花園，我可以賣票。」
混元弘法道場有8處，其中一處隱身在台中縣后里鄉山坡上。
TVBS記者徐祕康：「三寶寺位在后里馬場後方，混元禪師民國八十二年建寺，佔地三千坪，不過現在卻有民眾踢爆，三寶寺沿山坡而建，違反了水土保持法，是不折不扣的大違建。」
台中縣政府工務局說，三寶寺只申請農舍建照，坪數60坪，卻移作寺廟，違反建物使用，另外的940坪，根本沒執照。
記者：「到現在都沒申請建照？」三寶寺信徒：「手續太複雜！」記者：「違建十三年，還在申請中。」三寶寺信徒：「這我搞不清楚！」
面對大違建，工務局說會和寺方溝通就地合法，否則就要強力拆除，混元禪師游走藍綠，和許多高層都有深厚交情，不過曾經和他親密合照的政要們恐怕沒想到，他們大駕光臨過的混元道場，有一半都是大違建。
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