美國到底有沒有反對台灣舉辦公投，由於總統府和美國在台協會都相當低調，所以出現各種不同的版本。根據本台掌握的消息，包道格20日和陳總統會面時，確實提到公投議題，不過卻並不是外傳的美國反對任何形式的公投，而是代表美方來了解公投的內容和用意；相關官員研判，AIT在釋放這個訊息時操作失誤，才導致真相遭到模糊。 時間回到6月20日上午，包道格晉見陳總統，他向總統傳達北京反對台灣舉辦公投的態度，並且表示美方關切台灣要辦什麼樣的公投。當天陳總統曾經和呂副總統就此交換意見，總統說，他向包道格表示，台灣不是某國的一省，或者一州，只要中共不武力犯台，不會舉辦統獨公投，但不能連公共政策都不讓台灣公投。 沒想到第二天打開報紙，斗大的標題寫著美國反對台灣公投，國安高層緊急了解，確認是由AIT主動釋放訊息，至於施壓的時間點則和7月4日林義雄靜坐總統府有關。相關官員研判，AIT這次操作過度，又碰上輿論反應過度，後果反而超出他們自己所預期。 官員指出，當社會形成反對外國干涉台灣內政的氣氛，總統也藉由在高雄的演講場合宣示，台灣前途與未來，是否用公投做決定，只有台灣2300萬人民才能做出選擇與決定。行政院長游錫堃則宣示，制定全國公民投票實施要點，但其實這項要點，早在一個多月前就開始研擬。
