為了320公投，執行單位中選會與行政院產生的衝突不斷，無黨籍的中選會委員王清峰就以不滿行政院干預選務為由遞出辭呈，她表示不願意舉辦「違法的公投」，這樣有損中選會中立的原則。行政院則反駁中選會是合議制，某個委員意見沒被採用就被說成打壓，不是事實。
不滿行政院強力介入320公投，中選會唯一的女性無黨籍委員王清峰遞出了辭呈。中選會委員王清峰：「因為你已經沒辦法改變，因為整個局面看得很清楚，你沒辦法去改變它，改變一個違法的政策、一個執意要執行的違法政策，所以我必須要離開，我離開不少民進黨的人正在Stand by，所以無妨。」
消息一曝光，不少支持者傳真幫她加油，同樣是中選委員的賴浩敏也有相同看法。中選會委員賴浩敏：「說不很感慨是騙人的，對王清峰委員的請辭，我只能說我可以理解，如果因為其它因素影響到總統副總統選舉或影響結果，絕對不是全民所樂見。」
對於這樣的聲音，行政院及中選會立刻消毒。中選會主委黃石城：「我們當然還是維護中選會獨立公正中立原則依法辦理。」行政院發言人林佳龍：「個別委員如果有一些意見，沒有被其他委員接受，並不適合被說成被政府打壓，同時不能因為某些委員所持的立場跟行政院相同，就被說成是政府的打手。」
沒有遺憾，王清峰說現在的心裡很踏實，縱使自己的辭呈引發政界的分擾，此刻她心理想著的還是「不能違法」的堅持。
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