第一次的總統國政辯論，敲定2月14日登場後，現在又出現大翻轉，原本被安排提問的媒體人士，由於國親陣營質疑，部分媒體不具有他們期待的公正性，因此藍綠陣營代表磋商後決定改由學者對兩位總統候選人發問。
14日登場的總統國政辯論，未演先轟動，主辦的公共電視安排的提問人，包括五家主辦媒體，中時，聯合，自由，台灣日報，公視，以及政論學者組成的民間團體--澄社，但藍軍卻質疑這樣的提問陣容，有偏頗。
台北市長馬英九：「在提問人方面應該多元化，不要同質性太高，尤其是有些可能大家會有意見的人選，因此我們希望儘可能的在公正超然方面多一點著墨，否則可能會讓參選人會有點不太自在。」
負責操盤辯論的藍軍主帥，沒有點名哪些媒體引人疑慮，但是這樣的風聲，已經傳到綠軍耳中。扁呂競選總部新聞部主任鄭文燦：「硬要把媒體分配成各種政治光譜，這樣是不好的，既然你同意他來主辦，就不應該把他貼上標籤，而事實上如果要這麼做的話，我們這邊也可以提出類似的質疑，部分的媒體的公信力，連先生可能是沒有辯論過，所以比較害怕，所以會有這麼多的疑慮。」
在藍綠派出代表閉門協商後，提問人突然出現大逆轉。公視總經理李永得：「主辦單位以及媒體人士此次都不參與提問，多元公正專業三個原則，規劃各領域的人士，我們將會儘速徵詢當事人意見儘速確定，而且對外公佈。」
這樣的結果，總算符合兩方期待，但接著上場的學者，所屬的政治立場，勢必又被一一檢視。
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