兩岸問題也成為扁連兩人辯論的重點，陳總統再三以通緝犯張揚挺連宋質疑國親與對岸的關係，連戰則是回擊陳總統沒有證據亂扣帽子，雙方你來我往，最後講到主權問題，更沒共識，處處可見火藥味。
泛綠陣營緊咬國親與對岸的關係，連戰想要討公道，卻被陳總統倒打一把。國親總統候選人連戰：「我要在這裡向陳先生來請教，說我被中共操弄，你有沒有具體的資料？包括王永慶的先生等等商業界企業界的人，也被中共操弄，你有沒有具體資料？」
民進黨總統候選人陳水扁：「一位通緝犯，一位經濟犯張揚可以在上海成立連宋總部這樣的後援會，這樣大家都非常清楚，如果沒有中國共產黨的縱容跟背後的支持，能夠有這樣後援組織的成立嗎？」
國親總統候選人連戰：「馬英九先生選市長，他說他是賣台集團，這次給我帶紅帽子，最近你的競選夥伴也提到這都是中共的烏賊戰，我要請教陳先生，你有沒有什麼具體的證據？」
民進黨總統候選人陳水扁：「是廖前部長正豪先生他一手在推動組成(台商組織)，是經過連先生你的同意，現在出事情了，你把他撇清得這麼乾淨，誰敢幫你做事情，我知道你很高興但是又覺得怪怪的，怕被人家貼標籤，但我還是覺得你應該站出來說不。」
陳總統趁勝追擊，拿出宋楚瑜選總統時的兩岸主張質問連戰。民進黨總統候選人陳水扁：「2002他(宋)又提出來一中屋頂的理論，在2000年連先生批評宋先生說宋先生是投降主義，是自我矮化，宋先生當選一定會出賣台灣。」
國親總統候選人連戰：「一個中國就是中華民國，兩岸應該要建立，至少50年的和平關係。」
民進黨總統候選人陳水扁：「我當然沒辦法同意，他說要擱置國家的主權，這才是2300萬台灣人民最不放心的地方。」
兩岸問題雙方對答尖銳，既要語氣肯定，又不能脫離原則，兩方都步步為營。
