花蓮新航站預定3月19號啟用，和台中清泉崗機場一樣，都被抨擊新航廈在320之前啟用，是為了總統大選，目前為了新航廈能順利啟用，還在積極趕工。
耗資23億元，面積2萬平方公尺的花蓮新航廈，拿到使用執照已經一個多月，最後決定在總統大選前舉辦啟用典禮，邀請陳水扁總統剪綵，不免引發政治聯想；接任四個月的花蓮航站主任，否認啟用時間有政治考量。花蓮航空站主任楊志雄：「我們在那一天啟用，並沒有這麼明顯說是要考量相關政策。」
還有一個星期就要啟用，除了啟用時間引爭議，新航廈內部的問題，也備受討論。從致高點來看，新航廈和停機坪中間，目前只設置了兩道簡易空橋，連接停機坪和新航廈大樓，而拆除舊航站的工程也將隨即展開，旅客屆時必須由上方穿越施工地點，才能進出新航站。
動線設計還沒規劃完成，而新航廈內部也是問題重重，包括油漆、植栽和電扶梯的運作，都還在細部整理當中。手扶梯工程人員：「已經好了，我今天只是要上來看，有點聲音，我要找，打開來看看。」
另外，航空公司的地勤運務，開票電腦系統，也必須趕在3/18當晚全部轉移到新航廈，旅客載運能否順利銜接，花蓮新航廈啟用，還有一連串問題，等待檢驗。
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