海洋深層水發燒現在卻有學者出面質疑，深層水不健康還可能有致癌疑慮，一名北科大教授質疑，海洋深層水的取水口，週遭海岸有廢棄污染物，而且取水點剛剛好是螢光海洋生物出沒的深度，抽取海洋深層水可能也把這些污染，和致癌螢光物，一起抽上岸。
吃的抹的喝的只要扯上海洋深層水就有賣點，不過現在有學者質疑，這深層水可能有問題。北科大副教授胡思聰：「我們的污水也好，暴雨急流也好，其實很多地面上的污染物，都沖到大海裡面去了，這污染物其實是在不同層的水域裡面會流動。」
出水口附近就是垃圾掩埋場，專家更擔心看不到的危機。胡思聰：「抽水機會把很多微小的生物帶進去，有很多的螢光性的生物，牠們在受到驚嚇、干擾的時候，牠們可能第一動作，可能就是把這些螢光物給釋放出來，牠可以逃命，那我們可能水就把這些東西吸到處理場來了。」
取海水可能把海洋生物的螢光分泌物也一起抽上岸，但是深層水卻又不像地面礦泉水，有嚴格檢驗標準。
而且海洋深層水對健康效果，目前全沒有統計數據，學者的種種質疑，台灣市面上4家本土海洋深層水業者，目前都還沒有出面做出任何回應。
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