颱風樺加沙影響港澳航空交通，造成大量航班取消或改期，讓許多旅客行程大亂。有旅客原定23日搭乘國泰航空前往大阪，卻被通知改為29日出發，而回程卻提前至28日，形成無法搭乘的荒謬安排。國泰航空表示，系統會自動安排最接近有機位的航班，旅客可聯繫客服重新安排或選擇免手續費退票。桃園機場也有轉機旅客因航班延後兩天，被迫在台灣臨時住宿。
颱風樺加沙導致香港機場關閉36小時，航空公司櫃台擠滿排隊詢問的旅客。現場有旅客正在辦理改定位，也有轉機旅客因班機被改到兩天後而滯留台灣。一名日本旅客原本要搭乘國泰航空，但班機被改到幾天後，旅行社正在現場協助退票並購買其他航空公司的機票。
旅行社業者表示，由於這兩天其他航空公司的機位幾乎都已客滿，無法候補，因此旅客可能需要自行購買其他廉價航空的機票，並將原本的國泰機票退掉。一位旅客抱怨他原定23日搭乘國泰航空飛往大阪，28日返回台灣，卻臨時收到通知，航班被改成28日從大阪飛回台北，而去程卻是29日從台北飛往大阪，這樣的安排讓他根本無法成行。
這位旅客表示，如果航空公司直接取消航班，他還有機會申請保險理賠，但現在這種安排讓他很為難。他估計因無法前往大阪參觀萬博及使用其他票券，損失約7000元。當事旅行社回應，將全力協助旅客改票，但需依各航空公司規定調整；如果旅客無法配合改期，可申請免費退票且不收手續費；若已收到航班取消通知，也能透過APP申請退票。
國泰航空解釋，系統只能自動幫旅客更改至最接近且有機位的航班，如果不符合需要，旅客可以聯繫客服重新安排，在官網訂票的旅客也能在網頁上直接更改航班。國泰已公告9月23日至25日的機票可免手續費退票。
旅遊達人傑西大叔分析，此次颱風直接影響香港和澳門出發的航班，影響時間長達36小時，要完全恢復正常運作可能需要將近一週的時間。他指出，系統大量修改是由電腦先抓取一個接近的航班，如果不符合旅客需求，可請人工客服修改。
針對受颱風影響的旅客，傑西大叔說明，若人在台灣而班機有飛，航班延誤保險會定額賠付4000至8000元；若人在國外，則會理賠住宿和交通費用，額度在2萬至14萬元之間。由於國泰航班從香港出發，影響到後續航段，他建議旅客可考慮退票重買，若要改期也能上網變更搭機日期。
