環境部水保司花了三年追蹤多家醫院的放流水，發現有8家醫院的放流水檢出超標抗生素，包含環丙沙星、氧氟沙星等等，有專家提醒，抗生素進入飲用水等食物鏈，人體可能產生抗藥性，不過環境部說，現在還在研擬相關檢測標準，目前沒有違反規定；而抗生素從被發明以來，至今已拯救全球上百萬條生命，但因為不夠謹慎地使用，越來越多細菌對抗生素產生抗藥性，而無法治病，若情況不改善，可能未來沒有抗生素能對抗細菌，能救的病，也成了絕症。
大醫院很小心處理，政府也會定期監測。
而之前環境部水保司，花了三年追蹤多家醫院的放流水，發現亞東佑民，部桃中榮中國附醫，台南奇美義大高醫，這8家醫院的放流水檢出超標抗生素，包含環丙沙星、頭孢他啶、氧氟沙星等等，有專家提醒，抗生素進入飲用水等食物鏈，人體可能產生抗藥性進而產生超級細菌。
台灣感染症醫學會理事黃建賢：「(如果有些醫院抗生素有超標)比較擔心地說，是這些抗生素或者這些化學物質，會不會造成下游的泥土，或者下游的一些環境裡面的，這個細菌造成有抗藥性的一個情況，所以我想環境部他主要的原因也是這樣子。」
被點名的一些醫療院所表示，抗生素等剩餘或廢棄藥品有標準銷毀流程，不會進入放流水系統，推測可能和院內患者用藥後排泄有關，而環境部和衛福部正在研議合作，加強放流水抗生素檢測管理。
環境部在9月預告修正「水汙染防治措施及檢測申報管理辦法」部分條文草案，內容包括強化廢水中抗生素藥物及全氟化物等新興項目管理，如果連續兩次放流水檢測數據不符合，應提出自主削減管理。
新光醫院副院長洪子仁：「我們醫療機構現在就是說，要跟衛福部環境部一起討論是說，我們在監測的這個藥品，跟抗生素的這些成分裡面，為什麼他檢測的是要列這9項，那他依據的國際的標準是什麼，以及這9個項目對環境的危害程度為何，那我想一定要先了解說，這些抗生素的檢出是不是對環境面，環境永續的破壞會到什麼樣的程度，那這個有沒有國際上的一些，數據或者實證來告訴我們。」
醫學中心表示為了環境的永續，樂觀其成看待政府未來訂出明確數值標準，而要避免抗生素進到河川中再到食物鏈，民眾的習慣也很重要，沒有吃完的藥品不是亂丟馬桶或垃圾桶，尤其是抗生素化療藥荷爾蒙藥，針劑和液體類藥品等，可以帶到醫療機構回收，院方會放到專用垃圾袋中，請醫療廢棄物廠商收走，而其實現在全球公共衛生，相當關注抗生素抗藥性。
台灣感染症醫學會理事黃建賢：「其實我們前幾年就有發現，有些細菌幾乎已經是沒有藥可以用，沒有藥可以治療，那醫生還是會想辦法去治療他，比如說混合兩、三種不同的這個抗生素，雖然效果比較差，但是各自有一點點效果的，這樣子來治療病人，還有就是我們會發展新藥，這幾年也還好，有幾個新的這個藥物被發展出來，可以來治療這些細菌，可是我們藥物發展的速度，其實是趕不上細菌抗藥性產生的速度，所以我們還是要很小心地保留這些藥物，在比較需要治療的病人身上。」
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