地震之後，花蓮多所學校受到影響，像是西寶國小，全校師生一度受困校區內，安全考量之下，改移到太魯閣山腳下的富世國小上課，有家長想到餘震不斷，還是很擔心，而市區的花蓮女中，學校的綜合大樓被震壞，由於不是學生的平常上課的地點，影響比較小。
學生家長：「我們現在已經心都已經碎了，我們就是擔心這樣子啊，萬一說有餘震，再震動下去打到孩子的頭，怎麼辦很麻煩啊。」
就怕又有餘震，孩子不能上課，安全也是一個問題。
記者莊鎧毓：「可以看到富世國小周遭的矮牆，因為這一次的強震，已經有一些崩塌的狀況，不過所幸整個學校的整體外觀，看起來都還算是完整的。」
富世國小、西寶國小的孩子暫時都在這裡上學，不過富世國小全校1到6年級，只有6個班級，教室的數量也是剛好，因此西寶國小的學生，目前只能在活動中心上課，而另外還有受損嚴重的花蓮女中。
花蓮女中校舍梁柱被震壞，鋼筋裸露、窗戶也變形，滿地的碎石塊，還好損壞的是綜合大樓，不是學生平常上課的教室。
一大早，花蓮女中的校長就站在門口，迎接學生，也透漏學生跟教職員的人數，加起來是一千多人，目前都是正常到校，而為了保障師生安全，會緊急請廠商在受損的校舍外架設圍籬，在進一步評估如何整建。
花蓮女中校長詹滿福：「在0403之後，我們就已經限制所有的人，都不得進入綜合大樓，那今天4月8日禮拜一開學，那我相信我們的孩子，一定會跟日常生活一樣正常到校，而且我們今天一樣可以做正常的教學。」
另外花蓮兩所大學，慈濟大學八號是停課不停班，東華大學理工館發生火災，宿舍設備也被震壞，不過原本就為了錯開清明連假，8日是休假，但考量學生安全，校方宣布，9日停課不停班，10日到26日，全校改為線上上課，連假後各校陸續恢復上課，採取的方式也不同，但餘震不斷，學生心理多少還是有被影響。
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