不少孕婦在產前，會選擇「母血基因檢測」，確定胎兒有沒有罹患唐氏症或其他基因遺傳疾病，但現在卻傳出衛生署有意全面禁止基因檢測，因為衛生署發現，有人就是利用基因檢測來篩選嬰兒性別，醫師認為，基因檢測是全球趨勢，對遺傳疾病檢測很重要，全面禁止簡直是因噎廢食，衛生署澄清，只要是除了「性別」之外的基因檢測，都不會禁止。
能驗出遺傳疾病的「母血基因檢測」，因為也能測出胎兒性別，傳出衛生署有意全面禁止，婦產科醫生認為，實在是以偏蓋全。婦產科醫師尹長生：「如果禁止全面的話，可能有點因噎廢食，目前在一般檢驗，都不會把性別列出來，只是告訴你基因的排列組合是正常的，那性別會避免去談。」
這項基因檢測可以測出唐氏症等遺傳疾病，價格約1萬5，羊膜穿刺大約1萬，35歲以上政府還補助3千相比，雖然比較貴，但基因檢測只需要孕婦3到5C.C.血液就可以完成，醫生認為基因檢測對遺傳疾病有其必要性，不應該全面禁止，此舉動引發疑慮，衛生署解釋，是誤會一場。
國民健康局局長邱淑媞：「目前是針對母血的性別檢測，這個部分我們考慮加以禁止，但是比如說唐氏症方面的檢測，目前並不在禁止之列。」
國民健康局表示，台灣男女嬰出生比例不均，曾經是全球排名第3，現在好不容易降到第15名，但發現不少生技公司，打著基因檢測的名義，卻是在幫孕婦測胎兒性別，而英國甚至將開放全球第一個允許「三親」試管嬰兒療法的國家，也就是採用親生父母和一位卵子捐贈者的基因，協助傳疾病的家庭避免傳給下一代，如果國會通過，最快明年就可實施，「基因」是全球醫療趨勢，但還是有不可避免的倫理爭議。
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