現在免治馬桶越來越盛行，尤其到日本旅遊連公共廁所許多也都使用免治馬桶。不過婦產科醫師指出，免治馬桶透過噴嘴噴出水柱沖洗肛門，也有沖洗外陰的功能。若是噴嘴遭到汙染、沒有常常清潔，恐怕容易滋生細菌，甚至水柱也容易將肛門周圍的大腸桿菌沖進尿道，導致女性泌尿道感染。
台中榮總婦產科醫師謝筱芸分享，許多「泌尿道感染」的患者，在診間都會說「我每次小便完都會用水/免治馬桶沖洗，真不曉得我都這麼小心了怎麼還會感染？」謝筱芸強調「尿是無菌的」但是「自來水有菌，只是你自以為乾淨而已」。謝筱芸表示使用免治馬桶，如果噴嘴遭到污染或是沒有常常清潔，就容易滋生細菌，就算定期清潔噴嘴，泌尿道感染的女性，更要謹慎使用，以免將自來水中或肛門周圍的大腸桿菌沖進尿道及膀胱。
如果是生理期或是痔瘡，不能沒有免治馬桶的病患該怎麼辦，謝筱芸建議，生理期期間若沾到經血，只用衛生紙可能無法清潔乾淨，可以用衛生紙沾水輕輕擦拭外陰，濕紙巾也不建議，因為濕紙巾一旦開封後接觸空氣菌量倍數成長，反而比自來水還髒。甚至可以考慮先用水洗外陰再小便，因為尿液室最無菌的。
痔瘡患者則可以挪動尊臀，讓水柱對準肛門口後方，水柱也別開太強，以免水花飛濺到尿道。謝筱芸強調，許多泌尿道感染的患者都使用抗生素治療，但常常又發作，只能在無止盡的「感染-抗生素-再感染-再吃抗生素」循環，因此從日常生活中找到可能破壞健康的根源，才是預防醫學的根本之道。
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