台南市明（2024）年要舉辦台南400年以及台灣燈會，不過地標台南運河，儘管已整治30年，但經曝曬後卻仍會飄出惡臭。對此，台南市水利局說明，已向營建署爭取經費，將從26處箱涵攔截民生汙水來改善，在台南400前，有效改善水質，打造親水家園。
台南市議員林美燕直指，市府從1990年啟動運河整治以來，至今運河周邊的汙水下水道接管率雖達7成，每天約有7.8萬噸民生汙水回流到安平再生處理場處理，但運河至今仍惡臭薰人；議員李啟維也分析，最近又傳出下雨後運河魚群集體暴斃，經研判是氣候變化大，或水利局為防汛需求打開水門，讓許多未經處理的廢水流入運河內，造成水質汙染變化，導致魚群死亡。
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水利局表示，黃偉哲任內除投入大約17億元經費進行運河水質改善外，市府也2021年獲環保署補助經費330萬元，在民生截流站設置遠端微氣泡溶氧系統，藉由提高運河含氧量改善水質，強化自淨能力。經檢測發現，曝氣系統周圍溶氧可達3mg/L以上，提供生物良好棲息地環境，後續還將於中正截流站加布溶氧系統，擴大曝氣範圍，，在明年台南400前，應可以有效改善水質。
另外，市府自1990年起，積極推動汙水下水道系統，已先後投入建設經費約為135億元，目前運河集水區用戶的接管率達7成。加上運河周邊5處截流站及34處雨水箱涵與側溝截流設施，每日攔截大約7.8萬噸民生汙水至安平水資源回收中心處理，目前已為運河杜絕9成的汙染來源。
後續經評估還有26處，大概還有每日5000噸這些汙水待處理，這部分水利局也已與跟中央協調，獲得經費允諾，後續會將汙水的還沒有截流部分截流，相關的汙水沒有流到運河裡面，相信對水質改善會更有幫助。
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