行政院副院長鄭文燦、前新竹市長林智堅因論文抄襲，台大國發所碩士學位雙雙被撤銷，而兩人的指導教授、前國安局長陳明通也被調查中。不過今（18）日傳出，陳明通為了不被解聘、力保退休金，辭去國安局長一職後，已向台大校方申請退休，卻被教育部駁回，他為此動用人脈關係，希望退休案能順利過關；對此，台大國發所回應，系所教評會內容未涉及陳明通退休事宜，教育部也澄清，並沒有撤回陳明通退休案，目前正依相關法規辦理中。
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有媒體報導，指陳明通今年初請辭國安局長後，隨即向台大申請補辦屆齡退休，但因其被檢舉涉嫌違反學術倫理，該案正調查中，因此教育部未予受理其退休案，要求台大應按相關程序重新審議。報導更指出，陳明通動員人脈關係，包括資深教授、重量級學者等，私下遊說，希望近期的社科院教評會能順利過關，避免遭解聘。
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台大國發所今天澄清，媒體報導陳明通退休案一事，與法規、事實均不符，教師退休案依法是由教師直接向人事室申辦，系所沒有實質審核教師能否退休的權限，且依國發所教評會決議內容，並未涉及陳明通退休事宜，因退休一事不屬教評會的職權。
國發所也指出，教評會審議內容是校方移請處理的「陳教授被檢舉疑涉學生論文指導不周案」，目前已作成決議送交社科院方，但該決議內容依校方書面指示不予公開。台大校方則表示，尊重院教評會委員的獨立權責及教師個人隱私權，學校沒有回應。
對此，教育部回應，陳明通由教育人員轉任為政務人員，依《政務人員退職撫卹條例》規定，其退職後依《公立學校教職員退休資遣撫卹條例》，由其最後服務學校（台大）將退休案函送至教育部審核。目前陳明通退休案正由教育部依相關法規辦理中，並無報載退回學校情事。
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