疫情爆發期間，呼吸治療師積極協助照顧重症病患，協調呼吸器、插管等等，長期暴露在高風險環境，但不少醫院的呼吸治療師卻發現，衛服部核發的津貼，雖然發放到今年7月，實際發放的金額，跟臨床照顧狀況卻有明顯落差，調查48家醫院，至少一半都有這個狀況，呼籲衛服部應該要給予獎勵條件的清冊，申訴管道更透明。
呼吸治療師公會理事林奕廷：「(去年)我們單位總金額，大概在300多萬的狀況，但是在111年度目前說，已經發放到7月，但是我們目前收到的消息，整個核發金額大概只有3萬元，所以我們(醫院)不敢發下來。」
目前衛服部已經發到今年7月的錢，但統計48家醫院，至少一半都有津貼金問題，有的是醫院還沒發，有的則是衛福部發放的金額，跟臨床照顧狀況明顯有落差，因此公會有兩項訴求，認為政府應該要給予獎勵條件的清冊，而且申訴管道要更透明。
台大醫院企業工會呼吸治療師許銘修：「臺大醫院申報了，呼吸治療師的獎勵津貼46萬，但最後衛服部卻只核發了2萬元，(某公立醫學中心)他們實際收治重症病人，高達50人，照顧人日至少500天以上，但衛服部的函文，卻回覆只核發了0人次，可能要請他們去看一下，醫院的申報，因為我們這邊有接到醫院有詢問，或是醫院有申報，第一個時間是因素，第二個是申報的對不對。」
從疫情爆發以來，呼吸治療師是重要的抗疫團隊，協助處理插管調整呼吸器，長期曝露在高風險環境中，先前也包含醫檢師護理師，都曾跳出來反映津貼金狀況，即便衛服部強調，津貼金都有按時給，但問題是金額怎麼算的，更是呼吸治療師們的疑問。
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