故宮院長吳密察任內，3件故宮國寶不慎遭毀，不僅個人的「獨派色彩」再被提起，更有內部人士爆料，吳密察「用人唯親」，在他上任後，故宮人員只剩原本的三分之二。
被問到關鍵的文物保險問題，故宮院長吳密察頓時語塞，畢竟任內發生三件文物毀損，又被傳對內發布封口令。
如今更有故宮內部人員透露，吳密察上任以來故宮新聘人員，多半是他過去的下屬或學生，但更多時候他是遇缺不補，使得故宮南北院人員只剩上任前的三分之二。
文物毀損消息曝光後，檢視接二連三，特別是台大歷史系教授出身的吳密察獨派色彩濃。
2001年在陳水扁任內入閣擔任文建會副主委，退休後又參與新台灣國策智庫，後任國史館長期間禁止陸港澳學者查閱資料，又在故宮院長任內，主張把台北故宮「翠玉白菜」等珍貴文物南遷，被解讀要讓故宮更符合「台灣主體意識」。
立委(國)李德維：「吳密察院長過去他深綠的背景，我們不希望這是一個去中化。｣
立委(民)林宜瑾：「不論文物是來自哪裡，那都是屬於全人類的珍貴文化資產，暗喻吳密察院長是因為政治立場，而致使文物損毀，那真的是荒謬至極。」
但吳密察除獨派立場鮮明，還被前立委陳學聖指控故宮寄存品「蘭千山館」文物，因吳密察決定不續約有損故宮聲譽，而故宮也澄清單純因庫房空間有限，同時通知寄存人取回文物，正值浪頭相關事件難免被翻出來檢視一遍。
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