困難梭菌感染患者，經常出現反覆性的腹瀉、血便，微菌叢植入治療屬於首選，但治療上需將微菌叢透過大腸鏡植入、或使用一次服用30至40顆膠囊的傳統冷凍膠囊植入，而台北榮總今公布最新方法，引進冷乾技術及特殊抗酸膠囊，讓病人減少吞藥數量，同時免做大腸鏡就可治療。
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台北榮總胃腸肝膽科醫師張天恩表示，人體中存在數以兆計的微生物，其中多數生存在腸道中，腸道微菌叢協助維持人體的健康與正常運作，當人體微生物的平衡狀況改變，造成菌相失衡時，便造成人體疾病。
而微菌叢植入治療是利用健康捐贈者的糞菌，經過嚴格的篩檢與製備過程後，以消化道內視鏡或口服膠囊等方式植入病患腸道中，使腸道菌相恢復健康，已開放應用於反覆性或常規治療無效的困難梭狀芽孢桿菌感染病人。
北榮在2019年成立微菌叢植入治療小組，建立專用高規格生物安全等級的微菌製備實驗室，製備健康微菌叢供病人使用，目前完成28例微菌叢植入治療，包含22例經大腸鏡植入、3例傳統冷凍膠囊植入與3例冷乾膠囊植入，
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張天恩指出，傳統方式製備的口服膠囊，治療一次需服用30至40顆，病人吞服壓力大，但這次引進冷乾技術製備膠囊，保持微菌足量，但大幅降低膠囊含水量與體積，每次治療僅需服用10至12顆。
北榮表示，未來將持續優化製備過程，除提供反覆性或常規治療無效之困難梭狀芽孢桿菌感染病人治療，也將應用其他疾病臨床治療與照護，開設微菌叢植入治療特別門診，提供民眾臨床諮詢與評估。
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