日前外交部表示，民眾如果持有我國認可的「國際疫苗接種證明」入境菲律賓的話，就可以免去隔離，但是有台商爆料，菲律賓根本不認我國的疫苗接種證明書，所以入境還是要自費6天5夜的隔離檢疫，對此外交部昨（22）表示已經向菲律賓政府嚴正說明，請菲方儘速修訂入境相關檢疫，指揮中心發言人莊人祥也表示，數位認證部分需要雙方確認，外交部已經來文，指揮中心也討論過，正在簽核中，朝互惠方向進行。
外交部在1月28日公告，完整接種疫苗者，入境菲國免隔離，但台商入境後才發現，菲國不承認台灣的國際預防接種證明書，導致仍需自費隔離。而在外交部表達嚴重說明後，菲律賓政府表示，已經在規畫採認台灣的數位疫苗證明，但希望台菲可以「相互承認對方所核發的數位疫苗證明」，就能有效避免機場人員來不及正確解讀防疫規定的情況。
陳時中昨（22）在疫情記者會中表示，「我們非常願意跟菲律賓站在互惠的角度，來互相承認數位疫苗證明」。莊人祥表示，其實紙本證明都已經承認，現在是菲律賓希望台灣能夠認證他們的數位證明，因為執行人工查驗有時會「出槌」，針對外交部來文，指揮中心有討論過，正在最後簽核中，我們會往互惠方向進行。
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